Смотря откуда ее нужно убрать. Самым оптимальным решением являются губки, которые можно найти в подземельях и сундуках, а так же просто начитерить или же взять с креатива. Но, если же губок под рукой не оказалось, можно использовать любые подручные средства. Если это шахта - просто достаточно в начало источника поставить факел, вода пропадет, а факел вернется в инвентарь вместе с потоком. Если озеро - можно просто заставить его блоками, потом их выломать обратно, рекомендую грязь, ибо ломается лопатой быстро и особых усилий не затратите на это.
