Для управления вагонетками в популярной игре MineCraft чаще всего используют клавиши движения (W/S или же стрелки вверх/вниз, зависит от того, какие у вас стоят настройки). Так же для остановки вагонетки достаточно просто убрать один из рельсов, она дальше просто не поедет. Или же поставить блок в конце пути, она ударится об него, но есть риск того, что после этого поедет в обратную сторону. Если у вас стоят какие-либо модификации - там надо решать индивидуально, как и с серверами, ибо плагинов на вагонетки припомню было пару штучек.
